北京301醫(yī)院先后被評為“國際模范愛嬰醫(yī)院”、“全國百佳醫(yī)院”、“全國百姓放心醫(yī)院”、“全國百姓放心示范醫(yī)院”、“全軍為部隊服務先進醫(yī)院”，榮獲全國衛(wèi)生系統(tǒng)“文化建設創(chuàng)新獎”、國家衛(wèi)生部授予“醫(yī)院改革創(chuàng)新獎”。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內(nèi)鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。

令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫(yī)生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當一名臨床好醫(yī)生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫(yī)生。