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北京兒童醫(yī)院設(shè)備先進、設(shè)施完善、技術(shù)力量雄厚，科室齊全，設(shè)有呼吸科、泌尿外科、重癥醫(yī)學科、血液腫瘤中心等35個臨床和醫(yī)技科室。醫(yī)院擁有國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心，兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點專科建設(shè)項目，還擁有兒童白血病分子分型、小兒耳鼻咽喉頭頸外科、兒科呼吸感染等3個北京市重點實驗室，北京市兒童外科矯形支具工程技術(shù)研究中心以及小兒先天性心臟病中心、小兒實體瘤中心、兒童睡眠疾病中心等1 6個市級醫(yī)療中心。在小兒復雜先心病的手術(shù)、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡、急腹癥及創(chuàng)傷以及

神經(jīng)、呼吸、內(nèi)分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術(shù)等專業(yè)疾病的診斷及診療設(shè)備居國內(nèi)地位，并率先在國內(nèi)將兒科就診年齡擴大到18歲。

北京兒童醫(yī)院共有在職職工2105人，其中醫(yī)生597人，護士927人，醫(yī)技279人。正高級職稱138人，副高級職稱168人，中級職稱570人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科醫(yī)學奠基人諸福棠、小兒白血病專業(yè)學科帶頭人胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家9人，享受政府特殊津貼人員31人，先后有38人次入選“十百千”人才資助。

北京兒童醫(yī)院小兒泌尿外科注重開展國內(nèi)外學術(shù)交流，同時是國內(nèi)小兒泌尿外科?？漆t(yī)師培訓基地。近些年在包括美國新英格蘭雜志在內(nèi)的國內(nèi)外核心期刊發(fā)表論文350余篇。多次獲得北京市和北京市衛(wèi)生局科技進步獎。已完成或正在完成首都醫(yī)學發(fā)展基金、衛(wèi)生部重點支撐項目、跨世紀人才工程和十百千工程等多項科研項目。2012年獲得國家自然科學基金支持，對尿道下裂的病因?qū)W進行了深入的研究。近年來獲得專利近10項。