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北京兒童醫(yī)院設備先進、設施完善、技術力量雄厚，科室齊全，設有呼吸科、泌尿外科、重癥醫(yī)學科、血液腫瘤中心等35個臨床和醫(yī)技科室。醫(yī)院擁有國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心，兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點?？平ㄔO項目，還擁有兒童白血病分子分型、小兒耳鼻咽喉頭頸外科、兒科呼吸感染等3個北京市重點實驗室，北京市兒童外科矯形支具工程技術研究中心以及小兒先天性心臟病中心、小兒實體瘤中心、兒童睡眠疾病中心等1 6個市級醫(yī)療中心。在小兒復雜先心病的手術、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡、急腹癥及創(chuàng)傷以及

神經、呼吸、內分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術等專業(yè)疾病的診斷及診療設備居國內地位，并率先在國內將兒科就診年齡擴大到18歲。

北京兒童醫(yī)院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“扶助貧困兒童就醫(yī)健康基金會”，組織職工為貧困患兒捐款;組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏計劃、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病患兒活動;舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的關愛。

北京兒童醫(yī)院小兒泌尿外科注重開展國內外學術交流，同時是國內小兒泌尿外科?？漆t(yī)師培訓基地。近些年在包括美國新英格蘭雜志在內的國內外核心期刊發(fā)表論文350余篇。多次獲得北京市和北京市衛(wèi)生局科技進步獎。已完成或正在完成首都醫(yī)學發(fā)展基金、衛(wèi)生部重點支撐項目、跨世紀人才工程和十百千工程等多項科研項目。2012年獲得國家自然科學基金支持，對尿道下裂的病因學進行了深入的研究。近年來獲得專利近10項。