醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國家臨床重點專科，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準(zhǔn)的國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點學(xué)科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I(lǐng)國內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國內(nèi)率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個方面處于國內(nèi)和國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼外傷專科成立于1968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學(xué)于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷專科技術(shù)力量雄厚，學(xué)科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達(dá)5000人次以上。

北京同仁醫(yī)院眼外傷專科是一支歷史悠久、人才梯隊完整、集醫(yī)教研防一體、臨床特色鮮明的學(xué)科。眼外傷團(tuán)隊是一個充滿朝氣、認(rèn)真負(fù)責(zé)、團(tuán)結(jié)向上、精誠合作、注重傳承與發(fā)展的隊伍!全科同仁以挑戰(zhàn)疑難眼病、救治瀕危眼球為己任，業(yè)務(wù)上精益求精，科研上勇于探索，繼續(xù)努力不懈地為國內(nèi)外患者提供高質(zhì)量的服務(wù)，以不斷創(chuàng)新的進(jìn)取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。