醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？疲嗅t(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科的臨床診療技術長期居于國內(nèi)水平，接近國際水平，這是我們多年來的特色，也是在學術界常年保持水平的重要基礎。以惡性青光眼的診斷和為代表，在難治性青光眼的診斷和方面，始終處于國內(nèi)水平，這方面的研究成果先后獲得北京市科技進步二等獎和三等獎;在許多青光眼診斷技術的應用方面，青光眼科都走在國內(nèi)同行的前列，比如應用二極管激光睫狀體光凝技術各種難治性青光眼，應用激光小粱成型術早期開角型青光眼和殘余性青光眼，青光眼白內(nèi)障的聯(lián)合手術，非穿通小粱切除手術，引流植入物手術、粘小管成型術、小梁消融術、全周小梁切開術先天性青光眼等。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？萍瘞状弁鈧说目偨Y積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術力量強的眼外傷專科。眼外傷專科除開展一般常見疾病手術如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內(nèi)復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。

角膜塑形鏡門診現(xiàn)設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經(jīng)驗。

服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。