據醫(yī)院官網2015年12月信息顯示，醫(yī)院設置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學?？浦行暮脱芯克?，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫(yī)學中心和健康醫(yī)學中心，提供高端預防保健服務。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心。研究中心整合國內79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

國家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學研究中心是為加強我國耳鼻咽喉疾病醫(yī)學科技創(chuàng)新體系建設、打造臨床醫(yī)學和轉化研究的“高地”而創(chuàng)建的項目，目標是形成我國耳鼻咽喉疾病重大臨床醫(yī)學研究的“國家隊”。

擬通過開展高質量循證醫(yī)學研究、驗證新技術和新方法、實施多學科交叉轉化研究、開發(fā)和推廣基層適宜技術、探索臨床研究方法和管理模式，搭建國家耳鼻咽喉疾病臨床研究公共技術支撐的平臺。通過高質量臨床多中心研究，出指南、出理論、出技術、出產品、出成效，為國家制定政策提供依據，以提高耳鼻咽喉疾病防控能力，改善民眾健康。

在學科帶頭人陳香美院士帶領下，腎臟病醫(yī)學部1993年獲批碩士學位授予點，1998年獲批博士學位授予點，1999年獲批博士后流動站，2007年獲批集內科學（腎病）國家重點學科、2008年獲批內科學（腎病）北京市重點學科。是國家衛(wèi)健委、北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、?？漆t(yī)師培訓基地，國家衛(wèi)健委腹膜透析培訓示范中心，全軍野戰(zhàn)內科學教學基地，中華護理學會及北京市血液凈化?？谱o士培訓基地，全軍重癥監(jiān)護?？谱o士培訓基地。