據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設(shè)置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學?？浦行暮脱芯克纬闪艘跃C合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設(shè)有國際醫(yī)學中心和健康醫(yī)學中心，提供高端預(yù)防保健服務(wù)。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術(shù)近9萬例。

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2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

在學科帶頭人陳香美院士帶領(lǐng)下，腎臟病醫(yī)學部1993年獲批碩士學位授予點，1998年獲批博士學位授予點，1999年獲批博士后流動站，2007年獲批集內(nèi)科學（腎?。﹪抑攸c學科、2008年獲批內(nèi)科學（腎?。┍本┦兄攸c學科。是國家衛(wèi)健委、北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、?？漆t(yī)師培訓基地，國家衛(wèi)健委腹膜透析培訓示范中心，全軍野戰(zhàn)內(nèi)科學教學基地，中華護理學會及北京市血液凈化?？谱o士培訓基地，全軍重癥監(jiān)護?？谱o士培訓基地。