1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。

1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內選定并購妥院址，開始籌備興建工程。

1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結核病。

1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。

1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。

1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產(chǎn)科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。

1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。

1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。

1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。

1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I國內眼底病的發(fā)展方向，在國內率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術，在驅逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術等多個方面處于國內和國際前沿。

青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫(yī)科大學及首都醫(yī)科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數(shù)52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫(yī)療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養(yǎng)研究生和進修醫(yī)生近百名。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？萍瘞状弁鈧说目偨Y積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術力量強的眼外傷?？啤Ｑ弁鈧麑？瞥_展一般常見疾病手術如：白內障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復位等手術外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內復雜性眼外傷患者的轉診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。