醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經(jīng)內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內眼科學界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結合。在保持原有臨床技術優(yōu)勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內學術界具有優(yōu)勢。

青光眼科有博士研究生導師一人，碩士研究生導師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔首都醫(yī)科大學及首都醫(yī)科大學國際學院本科生、研究生、國際學生的臨床授課任務;青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數(shù)52張，年手術量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術前平均住院日低于4天，各項醫(yī)療指標位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養(yǎng)研究生和進修醫(yī)生近百名。

北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術中心在原衛(wèi)生部的批準和支持下，于1993年率先在國內開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術。時至今日，已成為國內每年完成屈光矯正類手術門診和手術總量多的屈光?？?，是國內，具有國際影響力的屈光手術診療中心之一。

中心擁有一支實力雄厚的專業(yè)技術團隊，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫(yī)生百余名。

為了大限度滿足患者門診、手術的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術量近1.5萬例。技術團隊多年來積累了大量的臨床手術及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗。