有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權(quán)利、義務(wù)缺少明確的規(guī)定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責(zé)任。因此在選擇代賬公司的時候，企業(yè)就要更加謹(jǐn)慎。

代理記賬機構(gòu)的數(shù)量在不斷增加，但整體規(guī)模普遍較小，代理業(yè)務(wù)范圍不寬。真正能提供受托單位會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內(nèi)部審計、工商稅務(wù)注冊年檢、財稅咨詢等會計服務(wù)的機構(gòu)很少。

實際執(zhí)行中很多代理記賬業(yè)務(wù)操作不規(guī)范、內(nèi)部管理制度不健全現(xiàn)象十分普遍，部分代理記賬機構(gòu)的內(nèi)部管理制度即使制定也是形同虛設(shè)。

會計核算方面尚存在許多不規(guī)范之處，一些會計核算未能以權(quán)責(zé)發(fā)生制為基礎(chǔ)，對所代理公司未按《公司法》計提法定公積金、法定公益金的現(xiàn)象也較普遍，代理編制的年度財務(wù)會計報告都只有基本會計報表，均未按制度規(guī)定的要求提供會計報表附注的內(nèi)容等。