注冊會計師在這個審計階段，實質上是對企業(yè)依據(jù)內控制度所進行的經營活動和實施管理行為的合法性進行評價裁定，從而使企業(yè)行為得到規(guī)范，并步入良性發(fā)展的道路。 在資本市場上，會計師事務所通過向社會披露募股公司的資產重組計劃、募集資金的用途、預期收益等信息，引導股民的資本投向。

注冊會計師對企業(yè)進行獨立審計，首先要對企業(yè)遵守制度情況進行符合性測試，并對企業(yè)的內部控制制度進行評價。一方面對企業(yè)的內控制度是否遵守一貫性原則發(fā)表意見;另一方面判斷企業(yè)的財務報告是否在所有重大方面公允地反映了企業(yè)的財務狀況、經營成果和資金變動情況。從而確定抽樣審計的范圍、樣本數(shù)量和審計重點。

會計事務所的部門從大的角度來說主要分兩塊：一塊是業(yè)務部門，主要有主要的審計部門，以及企業(yè)風險管理部、稅務部和咨詢部(分為管理咨詢和財務咨詢)等等。另一塊就是后勤部門，主要包括人力、財務等。

在事務所執(zhí)業(yè)的項目負責人、項目經理都是已經取得注冊會計師證書的注冊會計師，他們是事務所的核心人物，另外聘用大量的審計助理，做具體審計工作，實際工作一般都相當累，時間長任務重，出差多工作量大。項目結束后審計報告由注冊會計師出具并簽字。