高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產(chǎn)品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

高新技術企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關。

高新技術企業(yè)專項審計工作從業(yè)務承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會計師事務所和高新技術企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務約定書；

2、會計師事務所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術企業(yè)專項審計準備的資料清單；

3、被審高新技術企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。

4、現(xiàn)場審計階段；

5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6、與被審高新技術企業(yè)專項審計單位交換意見；

7 、出具正式審計報告。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術企業(yè)審計。