蛋白帶偏斜常常是由于濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由于加樣位置偏斜而引起。 蛋白帶過寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由于加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。

指示劑前沿呈現(xiàn)兩邊向上或向下的現(xiàn)象。向上的“微笑”現(xiàn)象說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，所以導致凝膠中分子有不同的遷移率所致。這種情況在用較厚的凝膠以及垂直電泳中時常發(fā)生。向下的“皺眉”現(xiàn)象常常是由于垂直電泳時電泳槽的裝置不合適引起的，特別是當凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全便會產生這種現(xiàn)象。

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質定量。電泳后的凝膠經凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結果.凝膠掃描儀主要用于對樣品單向電泳后的區(qū)帶和雙向電泳后的斑點進行掃描。 瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質制劑的純度；②分析蛋白質混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗兩種抗原是否相同.

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質純度的鑒定.聚丙烯酰胺凝膠電泳同時具有電荷效應和分子篩效應，可以將分子大小相同而帶不同數(shù)量電荷的物質分離開，并且還可以將帶相同數(shù)量電荷而分子大小不同的物質分離開。其分辨率遠遠高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復性好，沒有電滲作用.