無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。

為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求（參考上圖）嚴格執(zhí)行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。

無菌工作區(qū)有用無菌操作臺，沒有的話也可以用潔凈工作臺代替。需要放置在離門遠的地方。

無菌實驗室設計的地面應使用、不滲水、不吸水、防滑、無裂隙且易于清洗的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。

無菌實驗室是實驗室內用于無菌操作的小室，其內部裝飾、條件要求更嚴格。 1、無菌實驗室應每次使用前后用0.1%苯扎溴銨溶液或2%甲醛液擦拭工作臺面及可能污染的死角，濕拖地面，打開無菌空氣過濾器及超凈工作臺的開關30分鐘，紫外線燈照射1小時。

操作人員用肥皂洗手后進入緩沖間換拖鞋，用75%乙醇棉球擦手，穿戴工作衣帽、口罩。將所需物品剝去牛皮紙及外包裝，從傳遞窗移入操作間，再用0.1%苯扎溴銨溶液泡手后進入操作間，在乙醇(或煤氣燈)火焰區(qū)(火焰高度3-5cm)操作。