無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

操作人員用肥皂洗手后進入緩沖間換拖鞋，用75%乙醇棉球擦手，穿戴工作衣帽、口罩。將所需物品剝?nèi)ヅＦぜ埣巴獍b，從傳遞窗移入操作間，再用0.1%苯扎溴銨溶液泡手后進入操作間，在乙醇(或煤氣燈)火焰區(qū)(火焰高度3-5cm)操作。

無菌實驗室專辟于微生物實驗室內(nèi)，室外室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩(wěn)定性是無菌室的核心驗收指標(biāo)。業(yè)內(nèi)通行的驗收標(biāo)準(zhǔn)為100級潔凈區(qū)平板雜菌數(shù)平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，在通行標(biāo)準(zhǔn)之外，還應(yīng)該定期保養(yǎng)與維護。只有建設(shè)時合理的選材指標(biāo)，合適凈化等級和長期管理與維護，才能使無菌實驗室發(fā)揮其應(yīng)有的作用。

由于微生物病菌的危險性，必須防止危險性微生物向外界擴散，地阻斷危險性微生物與外部環(huán)境的接觸途徑，同時避免微生物受外界污染，影響實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性，必須采取合理的實驗室布局和裝修方案。