無菌室也稱接種室，是系統(tǒng)接種、純化菌種等無菌操作的專用實(shí)驗(yàn)室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項(xiàng)主要操作，這項(xiàng)操作的特點(diǎn)就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環(huán)境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。

無菌工作區(qū)有用無菌操作臺(tái)，沒有的話也可以用潔凈工作臺(tái)代替。需要放置在離門遠(yuǎn)的地方。

無菌實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)的地面應(yīng)使用、不滲水、不吸水、防滑、無裂隙且易于清洗的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應(yīng)有適當(dāng)坡度(以1.0~1.5%為宜)。

實(shí)驗(yàn)室布局按照要求合理地劃分成清潔區(qū)、半污染區(qū)和污染區(qū)，采用人與物分別設(shè)置專用通道，設(shè)置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險(xiǎn)性微生物的擴(kuò)散;實(shí)驗(yàn)室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實(shí)驗(yàn)室-生物實(shí)驗(yàn)室始終處于相對密封的環(huán)境，防止微生物的外逸，易于實(shí)驗(yàn)室的清潔，同時(shí)避免外部對實(shí)驗(yàn)室環(huán)境的破壞。

空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)必須可靠運(yùn)行，采用先進(jìn)技術(shù)，合理利用和節(jié)約能源與資源，保證環(huán)境的質(zhì)量和，為實(shí)驗(yàn)人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實(shí)驗(yàn)在的條件下進(jìn)行，以確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果得準(zhǔn)確性。同時(shí)它還必須控制實(shí)驗(yàn)室的潔凈度，對新風(fēng)進(jìn)行過濾，使實(shí)驗(yàn)室達(dá)到一定的凈化要求。其中排風(fēng)系統(tǒng)是重點(diǎn)，對于保證實(shí)驗(yàn)室相對負(fù)壓環(huán)境和有效過濾室內(nèi)污染排風(fēng)起著重要的作用。