無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設(shè)一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進(jìn)雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進(jìn)行研究。

在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結(jié)構(gòu)簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進(jìn)去。正面上部裝有玻璃，便于在內(nèi)部操作，箱內(nèi)部裝有紫外線燈，從側(cè)面小門可以放進(jìn)去器具和菌種等。

一般微生物檢測按照實驗室行業(yè)要求都需要在無菌室中進(jìn)行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。

隨著社會科技發(fā)展，國家越來越重視食品問題，無菌室空氣凈化工程也在不斷的普及。有了無菌室凈化工程，將超凈工作臺放置于無菌室內(nèi)操作，使實驗環(huán)境更加潔凈，實驗樣品不易于被污染。

無菌室內(nèi)配置了百級超凈工作臺也并不是所有都可以進(jìn)行實驗的，一般常規(guī)的菌落總數(shù)、微生物培養(yǎng)、血細(xì)胞培養(yǎng)、研究、干細(xì)胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進(jìn)行。但是如果需要做致病，為了達(dá)到保護(hù)實驗室人員的問題，就必須得建造生物實驗室，使用生物柜進(jìn)行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進(jìn)行。