過(guò)濾系統(tǒng)包括兩方面，一方面是生化過(guò)濾，另一方面是物理過(guò)濾。

生化過(guò)濾：是以培養(yǎng)為主的過(guò)濾方式。

我們常見(jiàn)的就是水妖精(氣動(dòng)式過(guò)濾器)以及上流行的氣舉。其原理就是以多孔隙的濾材上形成高氧區(qū)、水流體，用以培養(yǎng)硝化。

物理過(guò)濾：是以抽取缸中肉眼可見(jiàn)廢物。

通過(guò)較致密的過(guò)濾物，也就是我們常用的過(guò)濾棉，用以阻斷大顆粒的廢物再次回到缸內(nèi)。物理過(guò)濾過(guò)程中也包含有生化過(guò)濾過(guò)程，因?yàn)檫^(guò)濾棉上也會(huì)培養(yǎng)硝化生長(zhǎng)。常見(jiàn)的就是上濾。

氣動(dòng)式過(guò)濾：在此種過(guò)濾系統(tǒng)中比較有名的應(yīng)該算是惠宏產(chǎn)的水妖精，原理是利用氣舉使水流入過(guò)濾體(生化棉、過(guò)濾棉)中，進(jìn)行生物過(guò)濾過(guò)程。過(guò)濾效果還算可以，但是一般須要配合上濾等物理過(guò)濾系統(tǒng)使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鯛等較少量、小型的魚(yú)缸內(nèi)。

魚(yú)缸里面的水因?yàn)榇罅课故?、排析物和魚(yú)身上的分秘物的產(chǎn)生，會(huì)有越來(lái)越多的有機(jī)物質(zhì)積累，這些有機(jī)質(zhì)廢物會(huì)凝聚、附著在缸壁上，而大量的都懸浮在水中或沉于底砂上。由于水溫高，有機(jī)物會(huì)加快腐敗，導(dǎo)致混濁度增加，水質(zhì)變壞，溶氧量明顯降低，氨及硝酸鹽大量增加，水會(huì)變得十分渾濁，魚(yú)在這樣的水中生活極易得病，甚到死亡。在魚(yú)缸中建成一個(gè)生態(tài)過(guò)濾系統(tǒng)，進(jìn)行有效的生態(tài)過(guò)濾，將有機(jī)質(zhì)分解，就可以減少這些附著物的產(chǎn)生，不僅將水中的固體廢物過(guò)濾清除，使水體變得十分清澈，水質(zhì)穩(wěn)定，還可以有效減少魚(yú)病的發(fā)生。

魚(yú)缸不大，養(yǎng)魚(yú)過(guò)多或者是過(guò)濾器的功率小，不能完全過(guò)濾污物，綠藻生長(zhǎng)也會(huì)很快。

喂食過(guò)多，魚(yú)吃不完飼料，飼料在水中腐爛，水質(zhì)過(guò)度營(yíng)養(yǎng)化，使水中更快積累氨等物質(zhì)，經(jīng)過(guò)硝化，會(huì)轉(zhuǎn)換成硝酸鹽，硝酸鹽是水草和水藻的重要肥料，水中含有很多硝酸鹽的話，水藻也會(huì)狂長(zhǎng)。