與國(guó)外的增值稅制相比較，我國(guó)的增值稅具有幾個(gè)顯著的特點(diǎn)：首先，它是一種生產(chǎn)型的增值稅，允許抵扣原材料采購(gòu)所支付的進(jìn)項(xiàng)稅額，而消費(fèi)型增值稅對(duì)固定資產(chǎn)和原材料中相應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額均可抵扣。其次，在抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額時(shí)，實(shí)行購(gòu)進(jìn)扣稅法，并且要求企業(yè)持有合法的增值稅專用。后，采用多環(huán)節(jié)、多次征收的辦法，即在每個(gè)有增值的流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)均須征稅。

具體到軟件企業(yè)，這樣的稅收政策在一定程度上就存在著不合理性。，軟件產(chǎn)品本身所包含的直接材料成本較低，軟件企業(yè)的成本費(fèi)用支出多集中在技術(shù)開發(fā)方面，根據(jù)增值稅制的特點(diǎn)，軟件企業(yè)相當(dāng)一部分資產(chǎn)費(fèi)用性質(zhì)的支出無法記入進(jìn)項(xiàng)稅額進(jìn)行抵扣。第二，軟件企業(yè)寶貴的資產(chǎn)是人才，軟件產(chǎn)品開發(fā)過程中直接人工的投入在產(chǎn)品成本中占很重要的部分，但這部分無法抵扣相應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額。第三，軟件產(chǎn)品開發(fā)周期長(zhǎng)，附加值高，某些復(fù)雜的大型軟件產(chǎn)品需按項(xiàng)目的完工程度確認(rèn)收入。

高附加值的產(chǎn)品會(huì)造成一定時(shí)期的銷售收入和銷項(xiàng)稅額偏高，銷售收入確認(rèn)的時(shí)間以及和相應(yīng)進(jìn)項(xiàng)稅額配比的情況對(duì)軟件企業(yè)實(shí)際稅負(fù)會(huì)有較大影響。第四，軟件企業(yè)間存在大量分工協(xié)作的現(xiàn)象，對(duì)軟件企業(yè)來說，其產(chǎn)生增值的流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)與其他制造型工業(yè)企業(yè)有較大差異。對(duì)于以外包方式合作開發(fā)的軟件產(chǎn)品，在委托方提供主要材料的情況下，受托方要就其實(shí)際收入的全額繳納增值稅而非營(yíng)業(yè)稅，這不利于推進(jìn)專業(yè)化、協(xié)作化的軟件產(chǎn)業(yè)導(dǎo)向。

針對(duì)以上情況，國(guó)家對(duì)軟件企業(yè)適用的增值稅稅收政策進(jìn)行了多次調(diào)整。財(cái)稅字[1999]273號(hào)文規(guī)定，對(duì)增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產(chǎn)的軟件產(chǎn)品，按17%的法定稅率征收增值稅后，對(duì)其增值稅實(shí)際稅負(fù)超過6%的部分實(shí)行即征即退政策。財(cái)稅[2000]25號(hào)文又進(jìn)一步規(guī)定，對(duì)軟件企業(yè)征收增值稅后實(shí)際稅負(fù)超過3%的部分予以退稅。這一比例接近我國(guó)制造業(yè)企業(yè)平均實(shí)際稅負(fù)水平，考慮到國(guó)家對(duì)軟件產(chǎn)業(yè)發(fā)展的支持，這一比例仍有繼續(xù)降低的余地。