新的查驗系統(tǒng)主要流程包括前置作業(yè)、現(xiàn)場查驗、綜合處置、后置作業(yè)。整體海關查驗作業(yè)包括查驗指令下達、查驗移箱作業(yè)、機檢查驗作業(yè)、人工查驗作業(yè)、查驗異常處置等五大模塊功能。系統(tǒng)將原有的海關和檢驗檢疫查驗重疊作業(yè)環(huán)節(jié)進行了優(yōu)化整合，實現(xiàn)了海關與檢驗檢疫的一次布控和一次查驗，同時該系統(tǒng)設置了后續(xù)處置的作業(yè)模塊，可以對異常情況分類進行后續(xù)處置等操作。
“機檢+人工”查驗是新系統(tǒng)中新出現(xiàn)的一種查驗模式。過去機檢查驗就是海關利用大型集裝箱檢查設備對集裝箱裝載貨物進行掃描成像，通過圖像分析判斷實貨與申報是否相符的查驗手段。因以往海關實施的機檢查驗不需要開箱檢查，在海關與檢驗檢疫的查驗工作合并后，對于檢驗檢疫的查驗，則必須對部分商品實施開箱查驗。因此，海關對于此類查驗實施預設指令，也就是對被布控的貨物部分集裝箱可能需要機檢，部分集裝箱可能需要直接人工。當然，在海關通過機檢查驗的過程中，認為貨物有違規(guī)嫌疑的，也可以繼續(xù)轉人工查驗。
新查驗系統(tǒng)實施后，企業(yè)應該注意海關的“”口岸事中”和“目的地事中”的查驗指令是不同的。